1. Quá trình hình thành và phát triển.

Theo sử liệu, vùng đất nơi đây nằm dọc theo vùng uốn lượn của con sông Đáy nên thơ. Là vùng bãi bồi, lau sậy mọc rất nhiều nên ngay từ thế kỷ thứ VI Triệu Quang Phục đã chọn nơi đây làm nơi ẩn núp để đánh giặc. Sang đầu thế kỷ XIV, Nhân Huệ Vương Trần Khánh Dư đã đưa gia nhân về đây lập ấp và đặt tên cho mấy làng ở đây là Trần Xá Xã. Sang thế kỷ XVIII, nơi đây là xã Vỉ Nhuế, thuộc huyện Đại An, phủ Nghĩa Hưng, trấn Sơn Nam.

 Vùng này được gọi là Vỉ Nhuế có lẽ để chỉ một bãi đất rộng nằm bên khúc sông uốn lượn. “Nhuế” là bến sông, là bãi đất nằm chỗ sông uốn lượn.
 
Giáo xứ Vỉ Nhuế ban đầu là một họ lẻ của giáo xứ Kẻ Vĩnh. Nằm bên cạnh một giáo xứ từng là nôi của các vị truyền giáo đầu tiên tới Việt Nam và là thủ phủ của địa phận Đàng Ngoài, chắc chắn nơi đây đã được biết đến đạo Chúa từ rất sớm.
 
Vùng đất nơi đây đẹp và thuận lợi như nhiều sử liệu nhắc tới nên đã được các vị thừa sai chọn để xây dựng cơ sở. Trong thời gian còn là họ lẻ của Kẻ Vĩnh, nơi đây có tên là Quảng Nạp. Vùng này là nơi dễ dàng ẩn nấp nên nhiều vị thừa sai làm việc tại Vĩnh Trị đã chạy ra đây ẩn khi bị lùng bắt. Chính vì thế mà làng có tên là Kẻ Nấp. Trong giai đoạn bị bách hại vì đạo, nơi đây cũng đã có nhiều chứng nhân đức tin bị bắt, bị xử tử. Trong số các vị ẩn tại đây, có Đức Giám Mục Olivier người Pháp đã qua đời tại Kẻ Nấp ngày 27 tháng 5 năm 1827. Giáo dân Kẻ Nấp cũng đã nhiều người chịu chết vì đức tin, trong đó có ba vị đã được Đức Giám mục địa phận, Đức Cha Đông (Gendreau), đệ án lên toà thánh xin phong chân phúc ngày 27 tháng 10 năm 1927. Ba vị đó là: ông bô Gioan Bùi Văn Qui, chịu xử giảo hay hãm lương đầu năm 1862; ông Phạm Hoàng Thâu và ông Đào Tiến Huệ, chịu trầm hà tháng 5 năm 1862. Hiện nay di hài các ngài đang được quàn tại phía nam trước cửa nhà thờ.
 
Theo báo cáo thường niên của Hội Thừa Sai Pháp, năm 1906 nơi đây bị dịch và nhiều người được chữa khỏi nhờ công tác từ thiện của Giáo Hội. Sau đại dịch này, nhiều người dân Kẻ Nấp đã trở lại đạo. Với số giáo dân đông đảo, Kẻ Nấp được tách ra khỏi giáo xứ Vĩnh Trị và lập thành giáo xứ Kẻ Nấp vào năm 1907. Có lẽ cũng vì lý do nhiều người được chữa lành dịp đó mà giáo xứ Kẻ Nấp đã chọn Tổng Lãnh Thiên Thần Raphael làm quan thày bảo trợ cho giáo xứ. Bề trên giáo phận đã đặt Cha già Tất là vị linh mục chính xứ tiên khởi của giáo xứ. Năm 1924 giáo xứ Kẻ Nấp đã có 1990 giáo dân với 1 trường học, 20 học sinh và 3 họ lẻ.
 
Năm 1951, trong thư chung đề ngày 2 tháng 7 năm 1951 Đức Hồng Y Giuse Maria Trịnh Như Khuê đã quyết định lấy tên chính phủ dùng để gọi tên giáo xứ nên giáo xứ Kẻ Nấp được đổi thành giáo xứ Vỉ Nhuế.
 
Năm 1955, giữa thời khó khăn mọi mặt, Đức Hồng Y Giuse Maria Trịnh Như Khuê đã về kinh lược tại giáo xứ từ ngày 14 đến ngày 22 tháng giêng. Trong dịp này Ngài đã ban bí tích Thêm Sức cho 77 người.
 
2. Giai đoạn 1954 đến 1987
 
Trong biến cố năm 1954, khá nhiều người dân trong xứ đã di cư vào Miền Nam sinh sống. Số giáo dân còn ở lại quê hương phải trải qua một quãng dài thời gian khó khăn mọi mặt. Khuôn viên nhà xứ trở thành kho của hợp tác xã, nền tượng đài giữa hồ trước mặt nhà thờ bị phá bỏ, bà con giáo dân chỉ nỗ lực giữ lại được ngôi  thánh đường không bị xâm phạm.
 
Sau khi Cha Giuse Trịnh Ngọc Am qua đời ngày 5 tháng 8 năm 1958, giáo xứ Kẻ Nấp liên tục không có linh mục chính xứ, chỉ có Cha Dominico Đinh Thành Chung ở Vĩnh Trị rồi đến Cha Giuse Nguyễn Văn Yến ở Gia Trạng về làm quản xứ. Tuy nhiên, vì hoàn cảnh khó khăn mọi bề, ít khi các ngài được về dâng lễ. Trong suốt 30 năm này, mỗi năm giáo xứ chỉ có hai ba Thánh Lễ, có năm không có lễ nào. Dẫu khó khăn thế, giáo xứ vẫn duy trì các giờ kinh ban sáng và ban chiều. Ngày Chúa Nhật có ông trùm cử hành Phụng Vụ Lời Chúa.
 
3. Giai đoạn 1988 đến nay
 
Khi đất nước bắt đầu biến chuyển đổi mới, đời sống đạo trong giáo xứ dần dần được khôi phục. Đặc biệt với sự hiện diện của một linh mục quê hương từ Miền Nam ra, cha dòng Don Bosco Giuse Nguyễn Tiến Mỹ. Sau một thời gian đầy gian nan thử thách, cha Giuse đã dần dần được phép sinh hoạt tôn giáo trong giáo xứ. Mặc dù Cha chỉ về mỗi năm một hai đợt nhưng cũng đã thổi vào giáo xứ một sức sống đạo, đặc biệt nơi các bạn trẻ.
 
Trong giai đoạn này, các linh mục quản xứ gồm có Cha Giuse Hoàng Kim Cương, Cha phó Gioan Nguyễn Văn Phủ, Cha phó Antôn Trần Duy Lương, Cha Martino Nguyễn Bá Thỉnh, Cha Augustino Nguyễn Khắc Thành, Cha Giuse Phan Văn Chỉnh, Cha phó Gioan Nguyễn Văn Hân, Cha Phanxico Xavie Kiều Ngọc Viên. Cha Phêrô Nguyễn Phú Hùng, Cha Gioan B. Phan Ngọc Pháp, Cha Phó Giuse Nguyễn Quốc Sỹ. 
 
Trong giai đoạn này, tháng 4 năm 1993 giáo xứ mừng kỷ niệm Kim Khánh ngôi thánh đường. Đây là biến cố đánh dấu mốc quan trọng trong sự biến chuyển tốt đẹp của giáo xứ. Năm 1995 giáo xứ xây dựng tượng đài Đức Mẹ với sự trợ giúp đặc biệt của Cha Giuse Nguyễn Tiễn Mỹ. Ngày 28 tháng 12 năm 1995, Đức Hồng Y Phaolô Giuse Phạm Đình Tụng đã về dâng Thánh lễ ngay trên nền tượng đài Đức Mẹ và ban bí tích Thêm sức cho 1283 em trong vùng. Ngày 15 tháng 5 năm 1998 Đức Cha phụ tá Phaolô Lê Đắc Trọng về dâng Thánh lễ và ban bí tich Thêm sức cho 85 em. Tháng 4 năm 1999, giáo xứ khởi công xây dựng nhà phòng với sự trợ giúp đặc biệt của Đức Giáo Hoàng Gioan Phaolo II. Tháng 6 năm 2000, nhân dịp khánh thành phần một khu nhà phòng, Đức Cha phụ tá Phaolô Lê Đắc Trọng đã về dâng Thánh Lễ và ban bí tích Thêm sức cho 1150 em trong vùng.
 
Hiện nay, giáo xứ Vỉ Nhuế có 3189 giáo dân với hai họ lẻ là La Ngạn và Đại Duyệt. Họ chính xứ Vỉ Nhuế có 2985 giáo dân nằm kề xung quanh thánh đường, chiếm 95,6 % dân số trong thôn, với 6 giáp. Giáo xứ có các hội đoàn: hội Mân Côi, hội thánh Giuse, Ca đoàn, hội Kèn Đồng, 2 hội trống …
 
Ngôi thánh đường đầu tiên được biết đến là một ngôi nhà theo phong các Á Đông: cột gỗ, lập dạ, mặt tiền là dạng cổng tam quan ba tầng bốn mái. Khi xây dựng ngôi thánh đường hiện tại đây thì phần gỗ nhà thờ đã chuyển cho giáo họ Đằng Lẻ thuộc xã Yên Hồng, huyện Ý Yên, hiện nay vẫn còn.
 
Ngôi thánh đường hiện nay được xây dựng và hoàn tất vào năm 1943. Cha xứ Giuse Trịnh Ngọc Am, quê ở xứ Bút Đông, đã có công rất lớn trong việc đôn đốc và xây dựng ngôi thánh đường này.
 
Năm 1947 Cha Xứ Giuse Trịnh Ngọc Am đã đặt tượng Đức Mẹ Mân Côi lên trước gian cung  thánh, nhận tước hiệu ngôi thánh đường là Thánh Đường Đức Mẹ Mân Côi. Trong dịp này, ca đoàn giáo xứ cũng nhận Đức Mẹ Mân Côi là bổn mạng. Lúc đó, Thày già Hích, tức linh mục nhạc sỹ Hoài Đức sau này, về quê giúp xứ đã sáng tác bài hát “Lạy Mẹ Mân Côi”.
 
Năm 1973 ngôi thánh đường được tu sửa lần một do phần hậu bầu bị sập.
 
Năm 1989 đến 1993, ngôi thánh đường được trùng tu bao gồm việc xây lại cánh gà hai bên và phần tường bên ngoài, sửa ngọn tháp, tô chát xung quanh, làm trần tôn, lợp tôn mái thượng.
 
Năm 1994 đến 1995 sửa lại gian cung thánh và đóng ghế ngồi mới. Năm 2004 sửa gian cung thánh và lợp ngói mái thượng. Năm 2007 tô chát lại phần trên phía trong nhà thờ, quét ve, sửa gác đàn, mở thêm cửa hai bên.
 
Trong dịp trọng đại kỷ niệm 100 năm ngày thành lập giáo xứ, Đức Tổng Giám Mục Giuse Ngô Quang Kiệt về cung hiến thánh đường Đức Mẹ Mân Côi ngày 28 tháng 11 năm 2007.